Όλα τα εγκλήματα που σχετίζονται με την κακοποίηση και παραμέληση παιδιών, είτε με δράστη μέλος της οικογένειας είτε όχι, διώκονται αυτεπάγγελτα (αναφορικά με τα εγκλήματα ενδοοικογενειακής βίας, πριν από την εφαρμογή του νόμου 3500/2006 έπρεπε το ίδιο το θύμα να καταγγείλει την πράξη εις βάρος του, διαφορετικά δεν ξεκινούσε ποινική δίωξη). Αυτό σημαίνει ότι η δίωξη κινείται ύστερα από αναφορά δημόσιας αρχής ή πολίτη ή άλλη είδηση ότι διαπράχθηκε αξιόποινη πράξη, όπως για παράδειγμα από προσωπική πληροφόρηση, από επιστολή, ακόμη και ανώνυμη, ή κοινή φήμη, δημοσίευμα στον Τύπο, τηλεοπτική εκπομπή (ΚΠΔ 36).
Αν το έγκλημα αφορά ενδοοικογενειακή βία τότε ενημερώνεται και ο εισαγγελέας ανηλίκων για να λάβει όλα τα απαραίτητα μέτρα για την προστασία του παιδιού από τον φερόμενο ως δράστη γονέα. Αν το έγκλημα είναι αυτόφωρο ή επίκειται άμεσος κίνδυνος από τυχόν καθυστέρηση, τότε διενεργείται άμεσα αστυνομική προανάκριση ώστε να βεβαιωθεί τι έχει συμβεί και ποιος είναι ο δράστης, και ταυτόχρονα ενημερώνεται ο εισαγγελέας ποινικής δίωξης (ΚΠΔ 243, § 2). Σε άλλη περίπτωση ενημερώνεται ο εισαγγελέας και εκείνος διενεργεί προκαταρκτική εξέταση (κυρίως στα κακουργήματα) ώστε να συλλέξει επαρκή στοιχεία που να νομιμοποιούν την άσκηση ποινικής δίωξης (ΚΠΔ 43, § 1). Με την άσκηση της ποινικής δίωξης ο εισαγγελέας δίνει γραπτή παραγγελία στον ανακριτή ή ανακριτικό υπάλληλο (δικαστικός λειτουργός ή αστυνομικός υπάλληλος), όπου αναφέρει και την κατηγορία με το ποινικό αδίκημα το οποίο φέρεται να έχει τελεστεί και τη διάταξη του νόμου που το προβλέπει (ΚΠΔ 243, § 1 και 246, § 1). Αν είναι κακούργημα διατάσσεται κύρια ανάκριση, αν είναι πλημμέλημα διενεργείται προανάκριση. Ο ανακριτής/ανακριτικός υπάλληλος κάνει όλες τις απαραίτητες ενέργειες για να εξακριβωθεί τι έχει συμβεί (ΚΠΔ 239). Αποδεικτικά μέσα που μπορεί να χρησιμοποιήσει είναι: α) οι ενδείξεις, β) η αυτοψία, γ) η πραγματογνωμοσύνη, δ) η ομολογία του κατηγορουμένου, ε) οι μάρτυρες, και στ) τα έγγραφα (ΚΠΔ 178).
Με την ολοκλήρωση της ανακριτικής φάσης ο φάκελος της υπόθεσης μαζί με όλα τα πορίσματα επιστρέφει στον εισαγγελέα, ώστε εκείνος να κάνει πρόταση στο δικαστικό συμβούλιο. Έτσι, μπορεί να προτείνει αιτιολογημένα την απαλλαγή του δράστη από την κατηγορία ή την παραπομπή του στο δικαστήριο (ΚΠΔ 245 και 308). Ειδικά στην περίπτωση της προανάκρισης είναι δυνατόν ο υπαίτιος να παραπεμφθεί απευθείας στο ακροατήριο με την ολοκλήρωση της έρευνας (ΚΠΔ 245, § 1). Το δικαστικό συμβούλιο, αφού διαβάσει το φάκελο και την αιτιολογημένη άποψη του εισαγγελέα, αποφασίζει και εκδίδει βούλευμα (ειδικά και εμπεριστατωμένα αιτιολογημένο) είτε απαλλακτικό (η υπόθεση μπαίνει στο αρχείο) είτε παραπεμπτικό (γίνεται δίκη) είτε για διενέργεια περαιτέρω ανάκρισης (επιστροφή του φακέλου στον ανακριτή).